2017年末，巴南区有卫生机构646个，其中，医院26个，基层医疗卫生机构610个，卫生监督所1个、卫生疾控防治中心1个、妇女保健机构1个、中等护士学校1个，皮肤病防治医院1个，精神卫生机构1个，人口和计划生育药具管理中心1个，药械管理服务中心1个，卫生服务中心1个，卫生信息中心1个；共有编制床位7327张，卫生机构在岗职工7671人，卫生技术人员6252人，其中：职业（助理）医师人数2275人，其他技术人员192人。
