截止到2012年底，巴南区境内河流通航里程93公里。其中：长江56公里，箭滩河16公里，五布河18公里，花溪河3公里。主要码头有鱼洞码头、木洞码头、麻柳码头、袁家湾码头、佛耳岩码头。